Na primeira reunião da Coordenação do FONAPER foram aprovadas as seguintes Comissões e Propostas de Trabalho, a serem definidas por seus integrantes na reunião do primeiro semestre de 2003:
COMISSÃO FONAPER
Coordenador responsável: Sérgio Rogério de Azevedo Junqueira.
Objetivo: Implementar a articulação dos membros do FONAPER em vista da mobilização do processo de reflexão e de ações, objetivando a implementação e implantação da formação para o Ensino Religioso como área de conhecimento.
COMISSÃO DOS SISTEMAS
Coordenadores responsáveis: Ângela Maria Ribeiro Holanda e Nerva Gerbi Magrini de Lima.
Objetivo: Mapear a realidade do Ensino Religioso nas redes estaduais e municipais de Educação a fim de identificar a política de organização e formação docente estabelecida nas regulamentações para este ensino em vista da mobilização de implementação nos termos da Lei n. 9475/97.
COMISSÃO TRADIÇÕES RELIGIOSAS
Coordenadores responsáveis: Lurdes Caron e Lilian Blanck de Oliveira
Objetivo: Identificar e articular a entidade civil nos estados e municípios da Federação, possibilitando a compreensão do Ensino Religioso no contexto escolar brasileiro, a dinamização e as instâncias de competências no diálogo e respeito ao diferente.
COMISSÃO FORMAÇÃO DOCENTE
Coordenadores responsáveis: Lilian Blanck de Oliveira e Lurdes Caron
Objetivo: Mobilizar a academia para a reflexão e ações envolvendo as questões epistemológicas e pedagógicas relativas à formação dos profissionais da educação e à área de conhecimento do Ensino Religioso.